Por iniciativa do Professor Ricardo José Soares Pontes, então docente do Departamento de Medicina Social (DMS) da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP), em 2 de março de 1988, por ocasião da sua 202ª reunião, o Conselho Departamental aprovou a proposta de criação do assim chamado Centro de Pesquisa e Vigilância Epidemiológica (CPVE), com a finalidade de levar a efeito as atividades de vigilância epidemiológica das doenças objeto de notificação que demandassem o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (HCFMRP).
Nos seus primórdios, todavia, o CPVE carecia de recursos humanos e materiais que o tornassem apto a efetivamente desempenhar as atividades a que se propunha. Por essa razão, ele não constituia um centro notificador independente, limitando-se a repassar informações ao Setor de Vigilância Epidemiológica do Centro de Saúde Escola pertencente ao Departamento de Medicina Social, cuja área de abrangência englobava a região onde se situa o HCFMRP.
O Professor Ricardo José Soares Pontes coordenou o CPVE até o final de 1991. Em 11 de dezembro deste ano, na sua 250ª reunião ordinária, o Conselho do DMS indicou o nome do Professor Afonso Dinis Costa Passos para substituí-lo na coordenação do Centro.
Foi somente em 17 de março de 1992 que o CPVE foi oficialmente formalizado, a partir do estabelecimento de um termo de cooperação técnica firmado entre a Secretaria da Saúde do Estado de São Paulo – através do Centro de Vigilância Epidemiológica Alexandre Vranjac – e o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. A partir dessa data, o CPVE passou a ser designado como Núcleo de Vigilância Epidemiológica (NVE), a exemplo de inúmeros outros Núcleos semelhantes criados em hospitais de grande porte em todo o Estado de São Paulo, mediante o estabelecimento de convênios assemelhados.
A partir de 1992, o NVE se lançou num esforço de grande intensidade para criar condições que permitissem desempenhar, mesmo que minimamente, as tarefas que lhe passaram a ser atribuídas.
Em 29 de novembro de 2004, através da Portaria nº 2529, o Ministério da Saúde instituiu o Subsistema Nacional de Vigilância Epidemiológica em Âmbito Hospitalar, criando a Rede Nacional de Hospitais de Referência para o referido Subsistema e definindo critérios para a qualificação dos estabelecimentos. Pela Portaria objetivava-se a criação de Núcleos Hospitalares de Epidemiologia nos hospitais que deles ainda não dispusessem e o seu reforço nas instituições onde estruturas semelhantes já se fizessem presentes. No âmbito do HCFMRP o NVE já cumpria todas as tarefas definidas pela Portaria 2529, tendo apenas a sua designação mudada para Núcleo Hospitalar de Epidemiologia (NHE). Pela sua dimensão, o HCFMRP foi classificado como Hospital de Referência nível III, o mais elevado na classificação estabelecida, passando a receber repasses financeiros periódicos do Ministério da Saúde.
Em 23 de julho de 2021 pela portaria GM/MS N°1694 foi instituída a rede nacional de vigilância epidemiológica hospitalar passando então os núcleos a serem designados como NVEH (Núcleo de Vigilância Epidemiológico Hospitalar) dentro do sistema Renaveh
Nos últimos anos o NVEH aumentou consideravelmente o seu número de servidores e o seu campo de atividades. Atualmente (2023), conta com o seguinte número de profissionais e sua respectiva carga semanal de prestação de serviços, especificada pela categoria profissional:
| Profissional | Número | Horas/semana |
| Médico | 3 | 64 |
| Enfermeira | 4 | 120 |
| Assistente social | 1 | 10 |
| Técnica de enfermagem | 1 | 30 |
| Oficial administrativo | 4 | 140 |
Este crescimento expressivo do número de funcionários permitiu ao NVEH uma melhoria substancial da qualidade do trabalho já realizado e uma expansão para áreas tradicionalmente não cobertas pelos sistemas de vigilância epidemiológica tradicionais, tais como traumas cujas vítimas são atendidas na Unidade de Emergência e violências em geral. É fundamental destacar que este crescimento somente tem sido possível pela ligação estreita entre o NVEH e a Faculdade de Medicina. Esta ligação fez-se desde os primórdios do Núcleo, que foi pensado e desenvolvido dentro do Departamento de Medicina Social (DMS), ao qual cabe a indicação do seu Coordenador.
Nos últimos anos, como decorrência da incorporação da vigilância dos traumas, a vinculação acadêmica estreitou-se ainda mais, com o envolvimento de docentes do Departamento de Cirurgia e Anatomia. Esta ligação íntima com uma instituição de ensino tem garantido ao NVEH um equilíbrio institucional que permite a sua expansão contínua, mesmo dentro de uma unidade hospitalar terciária extremamente especializada. Por outro lado, cria também uma atmosfera propícia às atividades de ensino e da investigação científica.